2019全国肺癌大会：“燃”！NGS检测引领下的中国精准肺癌的飞速发展

　　6月21日，2019全国肺癌大会在沪隆重开幕，当日作为肺癌精准治疗不可或缺的倚仗----基因检测也是现场医生们的焦点。找药宝典作为受邀媒体参加了晚间由基因检测龙头企业燃石基因公司的卫星会。主题为“小检测大数据”。会间由廖美琳教授、王长利教授主持，各位大咖教授基于燃石检测数据，解读NGS在肺癌的实际应用，讨论异常激烈，还有燃石医学博士张韩晗倾情分享燃石LAVA大数据的功能和运用，在报告查询、基因功能、基因检出率、药物敏感性等方面给予医患帮助。非常实用，值得一听。下面小编简要汇总会议精华。

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　　周清教授：全方位解析NGS在肺癌的应用

　　燃石卫星会伊始，周清教授系统梳理了NGS的肺癌临床应用，主要主题分为“选择好的NGS检测”、“如何读懂NGS报告的有效信息”、“NGS应用的局限性”。从临床实际应用，解读诸多实际问题。

　　Q：选多大Panel？以NSCLC为例

　　A：3-10基因，可以为60%的初诊NSCLC患者找到可用的靶向药物；30-100基因，适用于耐药机制、预后判断、罕见压型；>300基因可以准确计算TMB。若是检测全基因，深度肯定不够。

　　Q：测多深？要广度还是深度？

　　A：以血液和组织检测为例，血液的ctDNA含量比组织少，检测需要的就是深度，太浅就会“捞不到鱼”，因此，组织检测可以选择520基因，血液检测可以选择168基因。

　　Q：不同类型患者如何匹配不同灵敏度和测序深度？

　　A：早期癌症患者，肿瘤负荷底，ctDNA少，测序深度需求更深；晚期癌症患者，肿瘤负荷大，测序深度要求降低。对于液体活检的灵敏度要求，初诊晚期或爆发性进展：0.5%；符合RECIST评价PD患者：0.2%；围手术期患者：<0.1%。

　　Q：取材标本如何选择？

　　A：组织标本的基因量最高，是金标准；其次是胸、腹水和血浆；特别需要强调的是，有脑转移、脑膜转移的患者，建议必取脑脊液进行检测。标本的优先级别为局部恶性渗出液≥组织≥血液。

　　Q：如何读懂NGS报告的有效信息？

　　A：①有无常见的驱动基因。②有无伴随基因突变？伴随基因是否杂乱、是否干净、有无功能、是否需要针对用药。③300个基因以上的panel，查看TMB高低；300基因以下panel的TMB不可靠。

　　Q：如何理解多突变共存？

　　A：当基因整体杂乱程度明显，尤其是EGFR突变伴随其他驱动基因时，EGFRTKI的疗效较差，治疗方向可以考虑联合用药。

　　Q：如何理解突变丰度和相对丰度？

　　A：肿瘤组织的突变丰度需与肿瘤细胞占比结合来解读，肿瘤细胞占比的高低，都能影响突变丰度的大小。ctDNA中的底丰度是真实存在且有临床意义的，丰度高低提示体内的肿瘤负荷。同一患者的相对丰度随时间的变化是有研究意义的，可以用于临床判断疗效。

　　Q：样本严格质控很重要，如何把控？

　　A：CSCONGS共识指出：适合于NGS检测的组织标本中肿瘤细胞含量建议应达到20%以上；组织样本抽提获得的DNA量应达50ng以上用于NGS检测。血液样本建议才采血至少8ml。燃石基于HS自动化建库技术要求占比10%，30ng以上。

　　Q：NGS检测会有哪些问题呢？

　　A：临床送检样本面临的主要挑战有：异种基因组DNA污染、样本错配、人源DNA污染。异种基因组DNA污染主要发生于石蜡切片，石蜡切片并不是无菌操作。

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　　韩昱晨教授：单中心NGS检测ALK融合基因的情况

　　在周清教授解答了NGS检测在肺癌应用的诸多实际问题，从头到尾的梳理了NGS的来龙去脉后。韩昱晨教授顺势以自己研究中心的患者为例，分析NGS检测在ALK+肺癌的应用，探索ALK亚型的比例，研究影响ALKTKI疗效的基因。

　　通过ALK融合检测的性能验证，使用IHC和NGS进行头对头的对比，发现ALKVENTANAIHC和DNA-basedNGS一致率达到99.87%，均可指导治疗。

　　研究中心分析了2645例肺腺癌患者，ALK融合的阳性率为3.1%，所有ALK融合断点主要位于Exon20，全部完整保留激酶区，表明融合突变保留功能。EML4-ALK融合占ALK融合的84%，EML4-ALK融合中，E13：A20的检出率最高40%。

　　ALKTKI对不同ALK融合的疗效如何？韩昱晨教授分析了多项研究，发现克唑替尼对EML4-ALK融合与非EML4融合的疗效无差异。对于不同亚型的EML4-ALK，克唑替尼疗效不同，有试验证实variant1患者的疗效最佳，有试验证实variant2患者的疗效最佳。

　　韩昱晨教授进一步分析56例ALK+患者的基因突变特征，发现ALK融合与EGFR突变、KRAS突变、ROS1融合、RET融合、BRAFV600E突变等肺癌重要的驱动基因互斥。4例患者同时携带ALK突变：G1269A、M1071L、G574E、W110R。6例患者携带MYC基因扩增，9例患者携带TP53基因错义突变。

　　韩昱晨教授发现，TP53突变的患者ALK-TKI治疗预后不良，MYC基因扩增可能导致ALK-TKI耐药。

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　　张韩晗博士：中国企业发力，燃石自创LAVA系统，海量基因临床用药信息，孕育巨大科研临床价值

　　上述两位教授解读了NGS在肺癌临床的实际应用。燃石医学副总监张韩晗博士为广大医生同道带来一项福利：LAVA大数据挖掘系统。

　　LAVA全称LiveAnnotationVisualizationandAnalysis，不仅收集了大量患者的基因检测结果，还可以用于数据分析及图表绘制，是个功能非常强大的分析工具。今后的应用范围广，包括：

　　①受惠于医生，对患者进行动态基因变化分析，结合用药判断疗效及耐药机制，指导下一步用药；

　　②用于特定基因通路的数据统计，如发生率、各癌种分布情况、治病特点等等多方为分析，可导出图表，可供医生或科研人员进行学术专研；

　　③系统设计人性化（如下图第二张），可快速查询资料，还附有各基因变异的生物学功能等描述，便于学习。

　　会上，张博士也给大家展示了用LAVA系统的分析FGFR异常在各个癌种的分布情况，以及中西方国家的差异，数据也将在近期发表。另外，还分享了BRCA基因作为非小细胞肺癌中早发筛选的使用结果，惊艳在座，大家同样可以期待下文章发表。

　　找药宝典记者也针对几个热门议题采访了张博士：

　　①LAVA系统目前在临床的使用如何？对患者最直接的获益是什么？

　　目前LAVA系统已经应用于临床，注册了账号的医生都可使用。医生可以通过LAVA数据库进行患者病历的查询及数据的管理，可以更全面的了解肿瘤患者在不同时间、不同地点长时间诊疗过程中的动态信息（包括基因层面及用药），更好的判断用药。

　　②听到您在会上提到的BRCA基因可以预测肿瘤发生风险，可以介绍一下它的具体使用吗？

　　BRCA胚系突变已经在其他癌种中证实了与肿瘤发生相关，尤其是在妇科肿瘤上（乳腺癌、卵巢癌等）。另外有研究报道带有BRCA胚系突变患者的发病时间可能会提早，因此燃石也针对该议题进行了研究，在肺癌人群中进行探讨。

　　③血液TMB与组织TMB的主要差别在哪儿？在精准度与选择panel上有区别吗？

　　两者主要是技术上的差别。近期也刚发表了血检TMB的文章，血检TMB的准确性与组织TMB相近，但还是要保证panel足够大。另外，两种方法在panel大小选择上也差不多。因此，今后血检TMB可能更容易被大部分患者接受。

　　LAVA系统的研发为抗癌战争又增添一利刃，而燃石医学目前也发表了85篇SCI论文，总影响因子421分，国际会议壁报展示超过70个，为肿瘤医学界贡献了不少力量。

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　　最后讨论

　　最后，四位专家（朱正飞教授、简红教授、周建娅教授及李敏教授）围绕着NGS检测方法在临床的实践进行了深度讨论。

　　随着2018年7月第一款NGS获得NMPA批准步入临床，专家认为，目前单靠PDL1表达来预测PD1疗效可能还不够，由于TMB及PDL1没有相关性，用NGS进行TMB检测可以进一步筛选出从免疫治疗获益的患者。另外，肺癌后线治疗强调个体化，患者在一线耐药后选择方案时有必要寻找哪个通路激活，查明耐药机制及基因动态变化，才能更针对性的进行下一步用药。当然，专家提出NGS大panel也可以用于发现新驱动靶点，研发新药，扩充现有靶向治疗的涵盖范围，比如近期火热的KRAS新药AMG510。

　　肿瘤本身就具有很高的异质性及动态变化性，NGS测序方法正好瞄准了这一特点。但未来还有许多工作要完成，如TMBcut-off值的标准设立等等，希望NGS能通过全方位及更深层的去了解肿瘤特性，研发最精准用药方案，为人类带来精彩的胜利。

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