在一项新的研究中，来自中国科学院深圳先进技术研究院和南方科技大学的研究人员将一种新的计算药物筛选策略与实验室实验相结合，发现最初为治疗淋巴瘤而开发的化疗药物普拉曲沙(pralatrexate)有可能被重新用于治疗COVID-19。相关研究结果于2020年12月31日发表在PLoS Computational Biology期刊上，论文标题为“A novel virtual screening procedure identifies Pralatrexate as inhibitor of SARS-CoV-2 RdRp and it reduces viral replication in vitro”。论文通讯作者为深圳先进技术研究院的Xiaochun Wan和Yanjie Wei以及南方科技大学附属第二医院的Yingxia Liu。论文第一作者为Haiping Zhang、Yang Yang和Junxin Li。

　　SARS-CoV-2(之前称为2019-nCoV)的透射电镜图，图片来自NIAID RML。

　　随着COVID-19大流行在全球范围内造成疾病和死亡，迫切需要更好的治疗方法。一条捷径可能是重新利用最初为治疗其他疾病而开发的现有药物。计算方法可以通过模拟不同药物如何与SARS-CoV-2(导致COVID-19的冠状病毒)相互作用来帮助识别这些药物。

　　为了协助对现有药物进行虚拟筛选，这些研究人员结合了多种从不同的、互补的角度模拟药物与病毒的相互作用的计算技术。他们利用这种混合方法筛选了1906种现有的药物，通过靶向一种名为RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RdRP)的病毒蛋白，来判断它们抑制SARS-CoV-2复制的潜在能力。

　　这种新的筛选方法发现了四种有前途的药物，然后在实验室实验中对SARS-CoV-2进行了测试。其中的两种药物---普拉曲沙和阿奇霉素---成功抑制了这种病毒的复制。进一步的实验室实验显示，普拉曲沙比瑞德西韦(一种目前用于治疗部分COVID-19患者的药物)对病毒复制的抑制作用更强。

　　这些发现表明，普拉曲沙有可能被重新用于治疗COVID-19。然而，这种化疗药物可能会促使产生显著的副作用，虽然可用于治疗末期淋巴瘤患者，但是并不能保证立即可用于治疗COVID-19患者。不过，这些研究结果还是支持使用这种新的筛选策略来确定可能重新利用的药物。

　　Zhang说，“我们证实了我们的新型混合方法的价值，这种方法结合了深度学习技术和更传统的分子动力学模拟。”他和他的同事们如今正在开发额外的计算方法，用于产生新的分子结构，这些结构可能有助于开发治疗COVID-19的新型药物。(生物谷 Bioon.com)

　　参考资料：

　　1.Haiping Zhang et al. A novel virtual screening procedure identifies Pralatrexate as inhibitor of SARS-CoV-2 RdRp and it reduces viral replication in vitro. PLoS Computational Biology, 2020, doi:10.1371/journal.pcbi.1008489.

　　2.New virtual screening strategy identifies existing drug that inhibits Covid-19 virus

　　https://medicalxpress.com/news/2020-12-virtual-screening-strategy-drug-inhibits.html

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